基层群众组织难。从群众来看，联产承包责任制实施后，长期分散的经营方式一定程度上淡化了农民的集体意识。一些群众想问题，办事情，往往都习惯从个人利益出发，村上的事情不积极配合，加之一些基层干部工作方法简单，造成群众的误解，加剧了干群的对立。从基层组织自身来看，个别基层班子战斗、凝聚力不强，威信不高，难以担当职责。一些地方片面强调村民自治，忽视了党的领导，致使在事关村组的一些大事上，支书、主任思想很难统一，党的组织的核心领导作用不够明显。
配套资金落实难。对新农村建设需要大量资金的投入，上级相关文件没有明确的投入比例，缺乏长效的投资机制，造成一些项目建设资金无法落实。同时上级一系列优惠政策都是按条划拔，投入分散，不利于地方集中操作。各级对金融机构是市场化运作，门槛高，手续多，资金难到位。而县、乡财力保吃饭、保运转，村集体经济缺乏公共积累，根本无力配套。
建设标准把握难。各村的情况不同，有的是区域中心村；有的是特色专业村；有的是自然生态村；有的是搬迁改造村。即使是同一个村，各组经济实力、自然环境、基础设施也不尽相同，如何确定一个比较科学的规划和合适的标准，基层干部很难把握。
村组事务管理难。受市场经济的影响，人们思想观念复杂，个别群众法制观念淡漠，道德水准不高，对公益事业、集体事情漠不关心，而对一些小事斤斤计较，利字当头，制定的乡规民约缺乏约束力；加上传统的美德在一部分群众的思想中弱化，尊老爱幼，见义勇为等，甚至被看成一种迂腐守旧，逢场作秀，遭受人们奚落嘲讽。
经济发展突破难。加快发展，持续增收，是新农村建设的一项中心任务，也是一大难点。一些村由于交通不便、信息不畅，加之观念落后，缺乏经济能力引导，群众走出去闯市场、集体引项目争资金的难度都很大。一些特色专业村，缺乏经济组织的引导、市场体系的保障，增产不增效。加之企业的发展，市场的培育，基地的壮大，产业链的形成，都需要一定的周期，经济发展短期内难经突破。
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